1998年，国家加大对教育的投入，相继启动“211”、“985”工程。与此同时，根据联合办学协议，北京大学考古文博院获得国家文物局在建设北京大学考古楼等项目上的经费支持。考古文博院在教学科研用房、实验室设备更新扩建、田野教学仪器设备现代化、资料室和标本室建设等方面均得到根本性的改善，办学条件、能力大幅度提升。2003年，考古文博院正式更名为考古文博学院。此间，北大提出创办世界一流大学的办学目标，学院也提出创办世界一流考古学科的目标。在认真调研分析国内外学科发展现状、未来趋势、北大现有水平、条件、特色特点及与“世界一流”的差距的基础上，学院整合师资力量和设备资源，于1998年成立了“考古实验实践教学中心”，于2009年成为国家级实验教学示范中心建设单位，2012年通过验收。中心统一管理考古实验实践教学工作，使之进一步规范化，进一步提高实验实践课程的质量和产出人才的质量。这是学院创建“世界一流学科”的重要措施。考古实验实践教学中心成立以来，在以下方面开展了卓有成效的工作：

（1）调整教学计划，提升课程体系质量，顺应学科发展趋势。在考古学方面，淘汰陈旧课程和陈旧课程内容，开设一批前沿技术方法的新课程。在包括博物馆、古代建筑和文物保护专业方向在内的新建文化遗产学科方面，进一步完善实验实践课程体系，最终形成以实习为核心、考古与文化遗产两大系列、各分三个阶段实施的本科生实验实践课程体系。同时着手抓紧教材的编写出版。

（2）通过各种渠道方式引进人才，改善教师队伍的年龄结构和知识结构，打造一支更符合学科发展需求和胜任实验实践教学任务的高水平团队。

（3）将“211”、“985”工程主要建设资金和通过国家文物局等其他渠道获得的资助用于改善基础办学条件的建设，新建2300平方米考古楼、更新实验室测年制样系统、添置仪器设备；与北大物理学院重离子加速器实验室共同斥资购置测年专用加速器；新建生物考古实验室、资源与环境考古实验室、文物材质分析实验室、文物保护技术实验室，整合各基础实验室为领域覆盖较为全面的科技考古与文物保护实验室。

（4）与各地有关机构联合，建成若干新的考古或文化遗产教学实习基地。目前中心已经拥有14个这样的基地，正在筹建2个。这些基地分布于各主要“文物大省”。同时中心统一配置了实习用先进仪器设备，给实习的顺利高效实施提供了有力支撑。

（5）加大对教学支撑机构的建设，建成考古通论、陶瓷、石器、体质人类学、动植物六个门类的教学标本室；投入经费，为资料室基本补齐国内出版的学术书刊和国外主要书刊。开办中心网站，通过与考古文博学院、教育部哲学社会科学重点研究基地“北京大学中国考古学研究中心”、北京大学与英国伦敦大学学院考古学院合作“文化遗产保护与中国考古学研究国际中心”（ICCHA）的网站链接，形成开放的网络服务平台。

与此同时，中心还保持着与国内外数十所相关高校或机构的密切联系，开展多种形式内容的学术合作，承担大量计划外、面向全国文博考古行业的教学培训，在国内外学术教育界发挥了愈加广泛和强有力辐射作用。